《刺客信條》的第一部故事圍繞著兩位主角艾吉奧·奧迪托和愛德華·摩洛展開。艾吉奧是一位在義大利的貴族，他在父親被聖殿騎士殺害後，為了為父親報仇並保護家人，成為了刺客組織的成員。他與愛德華是敵對的關係，因為愛德華是聖殿騎士，他試圖阻止刺客們阻止他恢復古老文明的企圖。
在遊戲的主線故事中，艾吉奧和愛德華需要在義大利和聖殿騎士的所在地之間穿梭，與各種角色互動，了解他們的故事，並完成各種任務。這個故事講述了一個家族的復仇，一個刺客組織的成長，以及一個試圖恢復古老文明的陰謀。
此外，遊戲還有一些支線任務，這些任務與主線故事有直接或間接的聯繫，提供了更深入的背景信息和角色發展。這些任務通常圍繞著遊戲中的其他角色和他們的故事展開，玩家可以在遊戲世界中探索不同的地點，並與各種角色互動。
總的來說，《刺客信條》的第一部故事是一個關於家族復仇、刺客組織成長和試圖恢復古老文明的陰謀的複雜故事，通過豐富的角色和任務，為玩家提供了深入了解遊戲世界的機會。