《刺客信條：起源》的故事發生在古埃及，講述了年輕的刺客埃齊奧·奧迪托雷開始他的冒險，揭示了一個更大的陰謀，以及埃及法老卡曼奇的統治和他的暴行。遊戲的副標題“起源”可能暗示了刺客組織在刺客埃齊奧出生前的歷史。
遊戲的主線故事圍繞著刺殺帕爾米拉將軍努馬·格萊斯，並揭示其背後的秘密，以及解開埃及法老被暗殺的真相。遊戲的主要情節包括三個部分：法老的詛咒、獵殺卡曼奇和對文明的摧毀。同時，玩家還需要收集各種古代地圖和情報，來了解這個神秘世界和任務背後的真相。
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