ddPCR（微滴式數字PCR）的原理是在PCR擴增前對樣品進行微滴化處理，將含有核酸分子的反應體系分成成千上萬個納升級的微滴。
在每個微滴中，可能含有一個或幾個待檢核酸靶分子，也可能不含任何待檢核酸靶分子。通過PCR擴增，含有靶分子的微滴會產生螢光信號，而沒有靶分子的微滴則沒有螢光信號。然後對每個微滴的螢光信號進行分析，根據泊松分布原理和陽性微滴的個數與比例，可以得出靶分子的即時拷貝數或濃度。這種方法能夠直接計數DNA分子的個數，實現樣品的絕對定量分析，ddPCR在大規模平行微反應器內進行單分子水平的螢光PCR擴增與計數式檢測，相較於普通PCR技術，能夠直接計數DNA分子的個數，可實現樣品的絕對定量分析。