DEPC水的配置主要有兩種情況：
用於泡實驗器具的DEPC水：在1000ml雙蒸水中加入1ml DEPC，然後放在1000ml容量瓶中靜置4小時後備用。需要注意的是，由於DEPC在高壓時會分解為二氧化碳和乙醇，所以用來處理實驗器具的DEPC水不能進行高壓處理。
用於配製75%乙醇的DEPC水：在100ml鹽水瓶內裝入40ml雙蒸水，加入40ul DEPC，然後在37℃下過夜，之後送去高壓處理。這種用來配製試劑的DEPC水是可以進行高壓處理的。
另外，100%的乙醇與DEPC水可以按3:1的體積比配置，或者x%(x>75)的乙醇75 ml，加DEPC水至x ml，一段時間（一般12小時左右）後再進行高壓滅菌。