DNA鑑定原理主要基於孟德爾的遺傳規律和DNA的獨特序列。具體如下：
DNA是人類遺傳的基本載體，存在於細胞核內的染色體上。每個人體細胞有23對（46條）成對的染色體，一對來自父親，一對來自母親。在受精過程中，夫妻雙方提供的染色體相互配對，形成孩子的染色體。
由於人體約有30億個核苷酸構成整個染色體系統，生殖細胞形成前的互換和組合是隨機的，因此除非是同卵雙胞胎，沒有任何兩個人具有完全相同的核苷酸序列，這就是人的遺傳多態性。每個人的染色體必然也只能來自其父母。
DNA鑑定通過對比不同樣本之間的DNA序列差異來確定其來源。主要方法包括PCR（聚合酶鏈反應）和測序技術。通過這些技術，可以放大和測定特定DNA片段的序列，從而識別個體間的差異。
在親子鑑定中，會檢測父母與子女間的核DNA-STR（短串聯重複序列）和線粒體DNA等標記。核DNA-STR遺傳完全遵循孟德爾遺傳定律，即父母各把自己一半的DNA遺傳給孩子，孩子帶有一半父親和一半母親的DNA。線粒體DNA和核DNA中的特定區域的多態性檢測，可以明確區分個體間的不同，確定親子關係。
通過上述方法，可以排除大規模人群中非父母子關係偶然出現的DNA一致的情況，最終確定父母子關係。
綜上，DNA鑑定原理是基於遺傳學、分子生物學和醫學的理論和技術，通過分析DNA的遺傳標記來確定個體間的親緣關係。