EVA故事分為兩個版本，即1.0版和2.0版。
1. 1.0版的故事主要圍繞三位主角展開：初號機是由碇源堂（人類補全計畫的設計者）啟動的EVA第一號機，其操作者是一位表面冷漠內心熱情的角色二號使徒綾波麗，她隸屬第三新東京市NERV特務隊第三分隊，被稱為“莉莉絲的亡靈”。三位主角之間的情感糾葛是1.0版故事的主線之一。
2. 2.0版的故事則圍繞新角色渚薰展開，他是唯一一個從第二次衝擊中生還的使徒，作為SEELE的使者監督著人類社會的發展，同時與真希波一起擔任起保護真嗣的責任。2.0版的故事更加注重真嗣和薰之間的交流和成長，同時對之前舊版中爭議較大的部分劇情進行了調整。
總的來說，EVA的故事主題涉及人性、情感、哲學等方面，兩個版本的故事都給觀眾留下了深刻的印象。