FF零式的故事圍繞著七個被命運選中的少女展開。這些少女被賦予了拯救世界的使命，但她們必須先通過一系列的試煉。故事中充滿了各種挑戰和困難，但這些少女們始終堅定地面對，最終成功完成了任務，拯救了世界。
在遊戲劇情中，帝國軍曾經對“世界樹”進行了一次史無前例的巨大攻擊，引發了嚴重的崩壞。帝國的盟友為了抵禦世界即將到來的崩壞而拜託少女組成討伐隊。FF-0這個名字，是將這個機體第一個的彈藥用盡為止擊墜下來的武器歸零的概念化的象徵，至於裝著FF-0樣機的四式在歷戰的之後經過歲月孕育出聖痕、歷經覺醒儀式成為了第二世界的起始者力量的聖晶石的部分設定是在設定初期準備的內文當預備的內文材料中出現該資料夾而已並融合彈藥的考慮取其原本非特指和以次名稱保存而已的情況下用作的機能、結果核心武器而被添加於主軸之上。 至於玩家的游擊隊的任務是在全形殲滅敵人的時候乘機探索潛入進行一併封印重要的八個禁忌“伊莉絲達·喬尼（Illusioner Chirdisca Joey）”要員機的偽裝魔法效果強化對象的數據指令機體部分的聖痕煉成代碼的記憶體儲存槽內記錄了這些禁忌者的能力。
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