《最終幻想 VII》的故事發生在遠離城市的蒂迪尼斯國附近一個小村莊——艾多尼亞，與鄰國由於《三十五年的護國之誓》協定維持著和平狀態。在此期間，神秘的現象與惡意日益加劇，先是由魔王軍入侵家鄉翠鳥鎮、緊接著西邊地區的王城帕拉美爾被攻擊。原因是受人民唾棄的第三流政府斯皮拉努斯導致戰亂、收成極差。主角克勞德因與好友扎克斯一起偷盜軍火而被捕，隨後被流放到邊境小國米德加。
然而，小國的統治者利用這些流亡者來作為炮灰，為了自身利益而發動戰爭。扎克斯和主角的義兄賽菲羅斯為了保護艾多尼亞而來到王城，使用神之力量擊敗了魔王，但同時也讓神之力量侵蝕了賽菲羅斯的身體，導致他變得瘋狂。
主角在旅途中結識了蒂法、主角的妹妹凱特琳以及神秘的魔法使愛麗絲，並一起對抗魔王軍和神之力的侵蝕。最終，主角們成功擊敗了魔王，但賽菲羅斯的瘋狂也成為了艾多尼亞的威脅。在故事的最後，主角們決定尋找治癒賽菲羅斯的方法，同時也揭示了故事背後更深層次的政治、社會和人性問題。