GROMACS是一個廣泛使用的分子動力學模擬軟體包，其教程主要包括以下幾個部分：
分子模擬基礎理論。這部分介紹了統計力學理論、主要算法（如最速下降法、共軛梯度法、有限差分法）、力場（如AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS）及其類型和參數。
GROMACS程式入門。包括如何編譯和安裝GROMACS，以及如何運行例子。這裡還介紹了重要的檔案格式（如PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP），以及模擬的基本流程（如能量最小化、NVE弛豫、NVT控溫、NPT控壓、MD平衡模擬）。
生物體系建模。這部分涵蓋了使用輔助工具軟體（如Packmol、GaussView、VMD、Grace等）進行不同生物體系的建模方法，包括蛋白質、核酸、多肽、溶劑等。
模擬結果分析。介紹了如何生成拓撲結構和坐標檔案，以及如何進行模擬軌跡分析、能量分析、系統動態結構分析等。
特定教程。GROMACS提供了七個特定教程，涉及不同系統如溶菌酶在水中、DPPC中的kalp15、傘採樣、兩相系統、蛋白質-配體複合物、溶劑的自由能和虛擬位點等。這些教程旨在幫助用戶熟悉使用GROMACS模擬不同系統的步驟和方法。
以上教程內容涵蓋了從基礎理論到高級套用的各個方面，適合不同水平的用戶學習和實踐。