《HITMAN 6》故事情節在《HITMAN 5》之後，但具體時間線會在這之前。 故事中，特工 47 走進了一個與外界隔絕的島嶼，島嶼中央的一棟建築物非常醒目，實際上，這座建築物是一座高科技的監獄，島上還有許多其他的秘密。