高效液相色譜儀（HPLC）的使用流程主要包括以下幾個步驟：
準備流動相。將流動相注入儲液罐前，應先過濾並脫氣。使用0.45μm針式濾器過濾流動相，水相流動相至少每周更換一次，所有流動相使用前需要超聲脫氣15-20分鐘。
連線管路和色譜柱。確保流動相、色譜柱及管路連線正確。
開機和排氣。打開各部件的電源開關，將排氣開關轉到open位置，按purge按鈕進行管路排氣，約3分鐘。確保A泵和B泵都進行排氣。
軟體設定。打開軟體，建立方法檔案或選定所用方法檔案，設定方法，包括流速、檢測波長等。
平衡系統至基線平穩。觀察系統壓力變化，檢查管路、色譜柱有無漏液，平衡系統至基線平穩，通常需20-30分鐘。
進樣。進樣前，用與樣品溶劑相同的溶劑清洗進樣器2-3次，確保無氣泡。將固定體積的樣品溶液注入進樣閥，然後在軟體中啟動注入命令。
觀察和記錄。通過軟體監視各項讀數，當檢測器檢測到樣品所有峰值後，停止運行並設定新的進樣。在使用登記表上做好記錄。
清洗和關機。分析完成後，用甲醇沖洗色譜柱至少30分鐘至壓力穩定，關閉各部件電源。關機時，先關閉泵、檢測器等，再關閉工作站，然後關閉電腦，最後自下而上關閉色譜儀各組件。
此外，定期清洗流動相濾頭、流動相瓶和進樣閥是維護HPLC性能的重要步驟。