iPhone 5s的使用指南包括以下內容：
訊息通知與簡訊功能。iPhone 5s可以快速回響通知訊息，用戶可以下拉通知以查看詳情，如果不想操作，可以向上滑關閉；用戶還可以使用語音訊息功能，按住右邊的話筒按鈕即可，不滿意可以左滑刪除；在簡訊中，用戶可以快速鍵入網址，方法是長按句點，還可以傳送定位信息。
相機功能。iPhone 5s的相機具有多種功能，如內置濾鏡和智慧型曝光調節；支持延遲拍攝和在錄製視頻時拍照；還可以在鎖屏狀態下快速打開相機。
Siri語音助手。Siri可以識別歌曲、提供天氣和路況信息，用戶可以直接對Siri說話來傳送查詢。
充電和溫度注意事項。避免在低溫環境下使用iPhone 5s充電，若因低溫無法充電，可將其移至溫暖環境；使用原裝充電器進行充電，不要等到電池完全耗盡才充電，並在充電時取下手機保護套。
瀏覽器和快捷操作。在Safari瀏覽器中，用戶可以使用手勢控制視頻播放；將手指放在視頻框內展開或收縮來控制視頻大小；不小心點錯時，可以在螢幕內滑動以取消操作；在自帶鍵盤中雙擊大寫字母鍵可以輸入大寫字母；在計算器套用中，橫向螢幕可以訪問更多隱藏功能。
個性化和安全設定。蘋果5s提供了豐富的個性化設定選項，如更改壁紙、音效和主題；在「設定」中調整通知方式和頻率；探索App Store中的主題和外掛程式來個性化手機；使用Touch ID指紋識別技術來提高安全性。