ITS序列分析是一種基於核糖體RNA基因（Ribosomal DNA, rDNA）內轉錄間隔區（Internal Transcribed Spacer, ITS）的分子生物學技術，主要用於真菌的分類鑑定和分子檢測。ITS序列位於5.8S rDNA和28S rDNA基因之間，包括ITS1和ITS2兩個部分，這個區域的長度和序列變化較大，使其成為真菌分類的重要標記。
ITS序列分析的步驟包括DNA提取、PCR擴增、測序和序列分析等。通過這些步驟，可以對真菌的不同生物型、菌株、種、屬進行分類鑑定，甚至用於區分關係非常近的種。在真菌病害防治和食品安全等領域，ITS序列分析也有著廣泛的套用，例如，可以幫助科學家們了解病原真菌的種類、遺傳特徵和侵染能力等情況；還可以套用於真菌毒素的檢測，如在一些食品安全事件中，用於檢測食品中是否含有真菌毒素。
儘管ITS序列分析在真菌分類鑑定和分子檢測中有著廣泛的套用，但也存在一些局限性。例如，ITS序列分析只能用於DNA水平上的檢測，無法反映真菌的全部遺傳信息；存在一定的誤差和不確定性，需要結合其他分子生物學方法進行綜合分析；對於不同真菌物種的檢測靈敏度和特異性可能存在差異，需要針對不同情況選擇合適的檢測方法。