Java檔案通常位於Java安裝目錄下的`bin`資料夾中。安裝JDK後，會在C糟有一個「java」資料夾，裡面包含`jdk`和`jre`兩個資料夾。在`jdk`資料夾的`bin`目錄中，存放著編譯和運行Java程式的執行檔，如`java.exe`和`javac.exe`。在`lib`目錄中，存放著Java的類庫檔案，這些檔案通常是以`.jar`結尾的。
此外，Java中有.class檔案的定義搜尋路徑。當你運行設定類路徑的`java -cp blahblahblah`時，.jar檔案的清單可以指示類路徑。默認的類路徑位於當前目錄中。通常，你將Java類放在檔案系統中的分層目錄結構中的包中，在這種情況下，Java編譯器也會將.class檔案放在相應的結構中。如果從命令行運行`javac`，則`-d` argument指定.class檔案的目標根目錄。