MBP蛋白的大小取決於其類型。結合型髓鞘鹼性蛋白（MBP）由170個胺基酸殘基組成，分子量為18000道爾頓。而MBP標籤蛋白，一種由大腸桿菌K12的malE基因編碼的麥芽糖結合蛋白，其大小為40kDa。