Motif分析是一種用於識別和分析DNA、RNA或蛋白質序列中重複出現的模式或序列片段的方法。這些模式被稱為motif，它們可能具有特定的生物學功能，如結合到特定的轉錄因子、調控基因表達或參與蛋白質相互作用等。Motif分析可以幫助了解基因家族成員之間的關係，推斷它們的功能和調控機制。
Motif分析的實操工具包括MEME套件，它允許在未對齊的核苷酸或蛋白質序列集合中發現新的基序，並進行各種基於基序的分析。其他工具如Motif Discovery用於預測輸入序列上的motif信息，支持DNA、RNA或者蛋白序列。Motif Enrichment提供了多種工具來測量一組序列中已知基序的富集程度，而Motif Search用於掃描序列以識別與已知基序匹配的序列。
Motif分析不僅限於實驗方法，也廣泛套用於表觀組學研究，如轉錄因子結合位點的預測、DNA和RNA甲基化修飾的位點分析等。這些套用揭示了motif在生物學過程中的重要作用，包括但不限於基因表達調控、蛋白質相互作用和細胞信號傳導。