在PyCharm中保存檔案的方法有以下幾種：
使用選單選項。點擊選單欄中的「File」(檔案)選項，然後選擇「Save」(保存)來保存當前檔案；或者選擇「Save All」(保存所有)來保存所有打開的檔案。
快捷鍵。可以使用「Ctrl + S」(Windows和Linux)或「Command + S」(Mac)作為快捷鍵來快速保存當前檔案。
另外儲存為。點擊選單欄中的「File」(檔案)選項，然後選擇「Save As」(另外儲存為)，在彈出的對話框中選擇檔案保存的位置和名稱，然後點擊「Save」(保存)按鈕，可以將檔案保存到指定位置，或以新的檔案名稱保存。
此外，還可以在PyCharm的設定中配置自動保存功能，以自動保存用戶編寫的代碼，避免因軟體bug導致代碼丟失。在軟體的設定界面，找到System Settings設定選項，然後勾選Synchronization模組下的相關選項，並設定自動保存的間隔時間。