RNA引物在DNA複製中起著至關重要的作用。它們是一小段單鏈RNA或DNA，作為DNA複製的起始點。RNA引物的主要功能是提供3』-OH末端作為合成新DNA鏈的起點。在DNA複製過程中，無論前導鏈還是後隨鏈，引物分子都是RNA分子，它們為DNA聚合酶提供啟動聚合的3』-OH末端。當DNA複製完成後，這些RNA引物分子必須被降解。
此外，RNA引物在轉錄激活過程中也發揮作用，它們似乎只是分開兩條DNA鏈，暴露出某些特定序列以便引發體與之結合，在前導鏈模板DNA上開始合成RNA引物。這個過程需要其他一些蛋白質的參與，如大腸桿菌的dnaA蛋白，這些蛋白質與DNA複製起點結合後能促進DNA聚合酶Ⅲ複合體的裝配成有功能的全酶。
在PCR（聚合酶鏈反應）中，引物分子也發揮著關鍵作用。它們是人工合成的兩段寡核苷酸序列，一個引物與靶區域一端的一條DNA模板鏈互補，另一個引物與靶區域另一端的另一條DNA模板鏈互補。這些引物作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3'端開始合成新的核酸鏈。