Root手機的副作用主要包括以下幾個方面：
系統風險：Root後的手機可能會導致系統數據丟失或出錯，從而引起一系列系統問題，如無法開機、無限重啟、觸屏失靈、WIFI或藍牙失效等。此外，Root後的手機無法通過OTA（Over-the-Air）正常升級系統版本。
軟體風險：Root可能會影響一些軟體的正常使用，尤其是金融工具類套用。還可能出現充電緩慢、待機時間縮短、手機發熱、相機預覽功能異常等問題。
隱私風險：Root後的手機安全性降低，不法套用可能獲得高級許可權，從而竊取私密信息。這可能導致個人信息甚至財產安全受到威脅。
維修風險：Root可能導致IMEI號丟失，從而使得大部分手機廠商不再提供保修服務。如果Root失敗或出現故障，用戶可能需要自行承擔維修費用。刷回原系統可能需要收費。
硬體危害：雖然Root一般不會直接對硬體造成危害，但可能導致數據出錯或丟失，間接影響硬體，如改變充電電流或照明功率可能導致元器件燒壞。Root後還可能出現充電時間變長、待機時間縮短和發熱等現象。
安全風險：Root後的手機容易被木馬病毒侵入，影響手機的安全性。
系統穩定性：Root可能導致系統不穩定，運行軟體時可能出現閃退現象。
軟體兼容性：可能因軟體兼容性問題導致系統損壞，出現運行問題。
錯誤操作風險：Root過程中可能錯誤刪除系統檔案，導致系統錯誤。
綜上所述，Root手機雖然提供了更多的自主權和管理許可權，但同時也帶來了上述一系列的副作用和風險。