Silent Hill Downpour的故事基於一個被雨水沖刷的古老小鎮 Silent Hill。玩家扮演的年輕男子 Jack Sullivan 逃脫了恐怖的 Silent Hill 4，而本作的故事則發生在一天暴雨中。Jack 在逃亡途中意外掉入一個洞裡，從洞中爬出後，他發現自己身處一個被稱為 Downpour 的新的廢墟城市。在這個新環境中，Jack 試圖生存下來，同時探索這個新的 Silent Hill 世界。
在這個過程中，他遇到了一個叫做 Sasha 的女子，以及一個被稱為 "the Drowned" 的神秘人物。這個故事中，玩家將面臨許多挑戰和恐怖的挑戰，包括與惡靈和怪物戰鬥，以及面對自己的恐懼和內心的掙扎。
故事中還包括一些情感元素，例如 Jack 和 Sasha 的關係發展，以及 Jack 對自己過去記憶的探索。此外，這個故事還包括一些對 Silent Hill 系列傳統元素的重新詮釋，例如揭示一些新的隱藏故事線或角色。