《Silent Hill Zero》的故事設定在了一個被稱為“silent hill”的神秘小鎮，這個小鎮被濃霧所環繞，成為了一個充滿恐怖和陰影的地方。主角Alex Shepherd被派去silent hill調查一宗不明原因的死亡案件，隨著調查的深入，他逐漸發現這個小鎮隱藏著一些不為人知的秘密和超自然力量。
在這個過程中，Alex Shepherd遇到了一群不同尋常的角色，包括一位神秘女子、一位充滿敵意的警察和一位能夠操縱元素的神秘人物。他們試圖揭示小鎮上發生的事情，但每次他們接近真相時，他們都會遭遇恐怖的挑戰和險惡的陷阱。
隨著故事的深入，Alex Shepherd逐漸發現他並不是唯一一個來到silent hill的人。他還發現了一個秘密組織，他們試圖揭示silent hill的秘密並解除其詛咒。然而，這個組織也被困在了小鎮上，並受到了恐怖力量的威脅。
最終，Alex Shepherd和他的盟友們必須面對他們內心的恐懼和絕望，才能揭開silent hill的真相併逃離這個地方。然而，故事的結局並沒有明確揭示小鎮的真正秘密和恐怖來源，留下了一些懸念和想像的空間。