湯姆·索亞歷險記的故事主要圍繞主人公湯姆·索亞和他的小夥伴哈克貝利·費恩以及喬埃·哈波的冒險故事展開。故事情節驚險有趣，扣人心弦。
故事主要包括兩個方面：一方面是湯姆·索亞本身所遇到的種種困境，他富有智慧和計謀，總能成功地幫助自己和朋友脫離險境。另一方面是少年們揭露一樁殺人案，最終湯姆·索亞成為了關鍵證人。這個故事情節將故事推向了高潮，讓讀者深切感受到少年們的勇敢和聰明才智。
此外，《湯姆·索亞歷險記》也深刻描繪了少年的內心世界，展現了他們追求自由、追求夢想的勇氣和探索精神。同時，小說也揭示了當時社會的種種問題，如種族歧視、貧富差距等，具有深刻的社會意義。