《Warhammer: Vermintide 2》的故事主要圍繞了威斯特伐利亞小隊的英雄們對抗瘟疫鼠的故事。在遊戲的故事前傳中，玩家將了解到這個城市和瘟疫鼠的背景歷史。在遊戲的主線故事中，玩家將與小隊成員一起經歷一系列的事件，以揭示隱藏在混亂背後的陰謀和真相。
遊戲的主角小隊由來自不同背景的英雄組成，每個角色都有自己的故事和背景。隨著故事的推進，這些故事也會逐漸揭示出來，為整個遊戲增添了更多的情感和深度。
同時，遊戲還包含了一些支線任務和地下城，這些地方也有著各自的故事和背景。玩家可以通過完成這些任務和地下城，進一步了解遊戲世界的背景和故事，並與各種不同的角色互動，從而獲得更多的遊戲體驗。