一天一杯珍珠奶茶可能會對身體健康產生一些負面影響。珍珠奶茶中含有的香精和較高的熱量，長期飲用可能會導致體重增加，甚至可能影響胃腸道的消化功能，增加胃腸蠕動的負擔，引起腹痛。此外，珍珠奶茶中的奶精含有植脂末等化學物質，這些物質中含有的鉛、銅等有害物質，如果長期攝入，可能會增加患冠心病、腫瘤、哮喘等疾病的機率，對幼兒的智力發展也可能產生不良影響。
建議每天飲用的珍珠奶茶量不超過500毫升，並且不宜長期天天飲用。過量飲用珍珠奶茶還可能導致抵抗力下降。特別是對於小孩子來說，需要在成人的監護下飲用，以防止噎到的風險。珍珠奶茶最好在製作後兩小時內飲用完畢，以保證營養和口感。