流產可能有多種原因，包括：
胚胎因素：胚胎或胎兒染色體異常是最常見的原因之一，可以占到早期流產的大部分情況。此外，胚胎自身發育的問題，如優勝劣汰，也可能導致流產。
母體因素：母體全身性疾病、感染、高熱、貧血、慢性病、生殖器異常（如子宮畸形、腺肌瘤、宮腔粘連）、內分泌異常（如高泌乳素血症、多囊卵巢綜合症、甲狀腺功能減退）、強烈應激與不良習慣（如恐懼、外傷、酗酒）、免疫系統問題等都可能導致流產。
父源性問題：精子染色體異常也可能導致自然流產。
環境因素：接觸放射線、有毒化學物質等環境因素也可能導致流產。
其他因素：包括孕酮水平低、妊娠期合併症（如妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓、胎兒宮腔內缺氧）、先天性染色體異常、基因變異、孕早期同房、劇烈運動、碰撞腹部等。
流產率在自然受孕中大約占10%，甚至更高。除了胚胎自身的問題，母親的問題有時也會造成流產，比如子宮畸形、子宮肌瘤等。母親的全身疾病，如抗磷脂症候群或SLE等自身免疫性疾病，也可能對胚胎種植和發育造成危害。