上三旗是清代由皇帝直接統轄的三個旗，包括鑲黃旗、正黃旗和正白旗。
在清軍入關之前，鑲黃旗和正黃旗由皇太極親自統領，構成皇帝的親兵。順治八年（1651年），順治帝福臨將多爾袞的正白旗收爲己有，從而確定了八旗的上下之序，即鑲黃、正黃、正白爲上三旗。原則上，上三旗的成員都是皇帝的親軍，但實際上只有滿族和蒙古族的成員才能擔任高級職位，漢軍的成員則不參與。上三旗的士兵負責守衛皇宮和其他重要的皇家建築，同時也擔任皇帝的外出扈從。在政治上，上三旗的人員也享有優勢，例如，順治帝年幼時，索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆和鰲拜（鑲黃旗）被任命爲輔政大臣，均來自上三旗。