主管機關的定義根據不同的領域和情境有所不同。在法律領域，主管機關是指依照法律規定的職權範圍處理有關事務的國家機關。例如，在刑事訴訟中，主管機關是指依照刑事訴訟法規定的管轄範圍直接受理有關刑事案件的司法機關。具體來說，自訴案件的主管機關是人民法院；貪污賄賂犯罪案件、國家工作人員的瀆職犯罪案件、國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查等侵犯公民人身權利的犯罪案件以及侵犯公民民主權利的犯罪案件，經省級以上人民檢察院決定的國家機關工作人員利用職務實施的其他重大的犯罪案件的主管機關是人民檢察院；危害國家安全的刑事案件的主管機關是國家安全機關；其他刑事案件的主管機關是公安機關。
在國際海事領域，主管機關則是指船旗國政府。例如，根據國際海事組織（IMO International Maritime Organization）各公約，如《國際海上人命安全公約》等相關公約的定義，主管機關係指船旗國政府。