指紋圖譜是一種分析技術，用於分析和比較複雜物質的化學特徵。
這種技術主要應用於中藥、DNA、蛋白質等領域的分析和鑑別。指紋圖譜通過特定的處理和分析手段（如色譜法、光譜法等）得到，能夠標示樣品的獨特化學特徵。這些圖譜或圖像具有專一性和代表性，可用於樣品的鑑別、質量控制、物種鑑定等多箇領域。例如，在法醫學中，DNA指紋圖譜用於犯罪嫌疑人的確認；在物種鑑定中，用於確認父母與子女間的親緣關係；在中藥領域，用於鑑別藥材的真僞和評價藥品的質量。
此外，指紋圖譜還具有整體性和模糊性的特點，適用於處理和分析複雜物質的組成和特性。