生物毒素是一類由動物、植物、微生物等生物體產生的有毒物質，這些物質天然存在於環境中，對生物體具有毒害作用。
生物毒素的種類繁多，幾乎包括所有類型的化合物，其對人體和動物的生理功能產生影響。生物毒素可以引起中毒，甚至危及生命。生物毒素在化學、生物化學、毒理學、生理學、生態學、藥物學、生物學及醫學等多個學科中都有重要的研究價值。由於生物毒素的多樣性和複雜性，許多生物毒素還未被完全發現或認識。常見的生物毒素包括黃麴黴毒素、嘔吐毒素、展青黴素、河豚毒素和炭疽毒素等。按來源，生物毒素可分為動物毒素、植物毒素、微生物毒素等。