船旗國檢查是一種由海事管理機構進行的監督檢查活動，目的是確保懸掛某一國旗的船舶符合該國以及相關國際公約的安全、防污染、勞工條件等方面的規定。
這種檢查通常由船旗國的海事主管機關進行，與港口國監督相對應，後者是由其他國家的海事主管機關對外國籍船舶進行的監督檢查。船旗國檢查的內容包括船舶的安全和防污染技術狀況、船員配備及適任狀況、海事勞工條件等方面。這種檢查是船舶檢驗的動態補充，也是督促船舶或海上設施履行法律法規、技術規則、國際公約的有效方法。
船旗國檢查的依據包括國際海事公約、國際勞工組織的有關公約，以及船旗國的法律、法規等。檢查過程中，海事管理機構會對船舶進行全面體檢，包括外觀巡查、證書和文書覈查、詳細檢查等，並根據檢查結果提出處理意見，如滯留或解除滯留。