過濾除菌法是一種通過物理阻隔方式，利用微孔濾膜或特定材質的濾板、濾芯或濾層來去除液體或空氣中的細菌，以達到無菌目的的除菌技術。
這種方法主要適用於熱敏感的生物製品，如血清、毒素、抗生素等，以及空氣的除菌。常用的濾菌器包括薄膜濾菌器（孔徑通常為0.45μm和0.22μm）、陶瓷濾菌器、石棉濾菌器（即Seitz濾菌器）、燒結玻璃濾菌器等。這種技術基於細菌的大小（約為2微米），無法通過微小的濾材孔徑，從而被阻擋並留在濾材上，達到除菌的效果。
在使用過程中，需確保過濾器對被過濾成分無吸附作用，不釋放物質，無纖維脫落，且在使用前應進行清潔處理，並進行高壓蒸汽滅菌或線上滅菌。更換品種和批次時，應先清洗濾器再更換濾膜。