何姓的起源主要有兩大支：歸姓和姬姓。
第一支出自歸姓。相傳黃帝時代已有何姓，何人是東夷族歸夷的一支，以荷爲圖騰，在黃河下游的山東菏澤建立了何國，其中何侯的一支可能隨虞舜帝南巡於九嶷山，留居於今湖南的寧遠、道縣一帶，至今何姓仍爲道縣的大姓。
第二支源系姬姓，分自韓姓。周文王之孫唐叔虞的十一世孫韓萬封於韓，韓姓子孫散居於江淮地區，遂依音轉韓改爲何。何姓世居廬江郡，成爲望族。進入西漢時，何比干成爲武帝的廷尉，爲姬姓何氏第一位名人。當代各地漢族何姓幾乎都認爲出自韓姓，姬姓何氏的歷史有2200多年。
此外，何姓的起源還有部分源自外族的改姓、冒姓或賜姓。如漢時有叫何苗的，其本姓朱，冒姓何。北魏孝文帝遷都洛陽後，鮮卑複姓賀拔氏爲單姓何氏。五代吐谷渾亦有何氏。元末吐蕃宣撫使鎖南之子銘入明，被朝廷賜姓何氏，其後也有以何爲姓的。