荷花原產於南部亞洲的廣大地帶，包括從越南到阿富汗的地區。它主要分佈在中亞、西亞、北美、印度、中國、日本等亞熱帶和溫帶地區。在中國，荷花的栽培歷史可以追溯到三千多年前，遼寧及浙江地區曾發現過碳化的古蓮子，顯示了其在中國悠久的歷史。臺灣地區則是在大約100年前從日本引進荷花，現在臺南白河鎮、嘉義一帶已成爲臺灣最主要的荷花觀光地區之一。
荷花是被子植物中起源最早的種屬之一。據古植物學家研究化石證實，一億三千五百萬年以前，北半球的許多水域地方已有蓮屬植物的分佈，荷花就在這些地方生存了下來。
在中國的神話故事中，荷花被認爲是一箇美麗的傳說。相傳，荷花是王母娘娘身邊的一箇美貌侍女——玉姬的化身。玉姬羨慕人間的和諧生活，偷偷溜出天宮來到杭州的西湖畔，並在湖中嬉戲至天亮。王母娘娘發現後，將玉姬打入湖中的淤泥之中，從此玉姬在淤泥中伸出一枝豐滿綠芽，在頂上展開了花，飽覽人間美景，因此人間多了一種美麗的鮮花——荷花。
荷花的名稱由來有多種解釋。一種說法是，“荷”字在《說文解字》中解釋爲“芙蕖葉”，而“花”字是後綴詞，用於命名各種花卉。另一種說法是，荷花的名稱來源於其立葉的葉柄，這個葉柄負責負荷葉片遠離水面。