佛印與蘇軾的故事有很多，以下介紹兩個比較著名的。
第一個故事：北宋元豐年間，蘇東坡在湖州任上，有一天遊船時看到有人在岸邊寺廟中求子，他覺得此景讓他想起了自己的一位好友佛印和尚。於是他便向寺廟中求了一簽，然後帶著簽文前去與佛印和尚探討。佛印看後說：“此簽求得好，君應終生無子。”蘇東坡聽後十分高興，又求了兩次方才離去。走後佛印卻自言自語：“我是出家人，只會一心念佛，度化他人求子嗣，難道我真的會度到一位官人？”遂隨即將此話告知給高僧大德禪師。這位禪師聞言蘇東坡剛剛到寺時還當眾宣稱自己“一肚皮不合時世。”
後來蘇東坡的妻子王弗去世後，他心中悲痛不已，在佛印的勸解下開始吃素念經。一段時間後，他忽然對佛印說：“我現在已得戒了。”佛印問：“什麼戒？”蘇東坡答：“愛情。”此典故常被用來調侃“一切有為法，如夢幻泡影”等佛教哲學。
另一個故事：一日遊船於赤壁磯下長江中，船上二人憑欄臨水觀景。船有歌妓伴唱，十分盡興。佛印連聲叫好。蘇東坡卻有些不太滿意。船行數里後蘇東坡問佛印：“船行甚穩。”佛印說：“船行平穩說明內心穩重。”蘇東坡問：“你是說我身在船上，心在江里？”佛印點頭答：“我本來是要說我，因你說出我要說的事。”這裡是一個佛教文化與中國傳統文學經典、歷史經典交融互見的故事，常常用來體現文人清雅生活趣味與才子性情，也可說明儒家待人處世“內中有人”的文化修養、處事要含蓄的人生態度以及道家追求身心安頓的智慧與藝術等思想體系的精髓。
這些故事表明了佛印與蘇軾之間的深厚友誼和智慧對話。