公司補繳社保的流程大致如下：
用人單位首先需要通過社會保險經辦機構或社會保險網上服務平台下載用人單位及其職工的相關參保信息，並將這些信息導入本地「社會保險信息系統企業管理子系統」。
在該系統中，用人單位需錄入社保補繳明細，完成後導出社保補繳報盤檔案，並列印出《社會保險補繳明細表》和《基本醫療保險補繳情況表》，加蓋單位公章。
如果職工在參保期間因工作單位變動等原因中斷社會保險關係，需要補繳近三個月的社會保險費，用人單位可直接通過「社會保險信息系統企業管理子系統」報盤，並列印相關社保補繳明細表進行申報。
對於超過三個月以上的社保補繳，用人單位需要準備補繳期間與參保人存在勞動關係的證明、工資收入憑證等材料。若補繳時間更長，需將相關資料提交給社保機構的相關工作人員審核。
在一些情況下，如員工前往社保部門投訴並要求補繳社保，社保工作人員會審核提交的資料，並作出是否受理的決定。
用人單位需持營業執照原件及複印件到社保機構辦理社保登記，領取社會保險申請表，填報各項報表並簽章。
社保機構審核各項報表後，核定社保繳費額，開具社保繳費通知書。
用人單位據實填報參保人員增減表並簽章，社保機構按期托收社保費。
具體請諮詢相關部門。