功能性分流是指在肺部發生嚴重病變的部分，肺泡的通氣量會明顯減少，但是這部分病變肺泡之中的血流量並沒有相應的也隨之減少，相反，甚至還可能會因為某些炎症而導致肺泡充血，從而使肺泡中的血流量增多。肺泡內每分鐘的通氣量與每分鐘肺泡中血流量的比值明顯減少，從而導致流經這部分病變的肺泡靜脈血，還沒有充分與氧氣結合就匯入到了動脈血內。這種情況在臨床上與動靜脈短路的情況相類似，所以被稱之為功能性分流。功能性分流在臨床上可由多種疾病所引起，例如患有支氣管哮喘、慢性支氣管炎或者肺纖維化，以及肺水腫者都可能出現功能性分流的情況。