根據提供的信息，半瓶神仙醋面臨的主要問題是侵犯了金庸的作品專有使用權。以下是詳細的情況說明：
侵權指控：半瓶神仙醋因涉嫌侵犯金庸作品的專有使用權而受到指控。這包括之前的作品《金庸群俠傳2》和《金庸群俠傳3》也被認為侵害了明河社的利益，導致要求賠禮道歉和賠償損失。
律師函：2023年4月17日，半瓶神仙醋的創作者郭磊在微博上表示，他已經收到了一份律師函，明確指出半瓶神仙醋被指控侵權金庸武俠。
網路暴力：儘管半瓶神仙醋的無私奉獻獲得了許多網友的支持，但也遭受了不少網友的辱罵和網路暴力。在2017年，這種猛烈的網路暴力讓他一度懷疑人生。不過，半瓶神仙醋並沒有放棄自己喜歡的遊戲，因此才有了《金庸群俠傳》的精神續作《大俠立志傳:碧血丹心》。
綜上所述，半瓶神仙醋面臨的主要問題是侵犯金庸作品專有使用權的指控，以及之前遭受的網路暴力。儘管面臨挑戰，創作者仍然堅持自己的熱愛，並嘗試通過創作新的作品來表達對金庸武俠世界的致敬。