南京兩日游攻略自由行可以按照以下路線進行：
第一天。上午，遊覽南京的標誌性景點——夫子廟，這裡是中國第一所國家最高學府，擁有豐富的歷史文化底蘊，可以遊覽夫子廟文廟、孔廟等古建築群。乘坐遊船遊覽秦淮河，欣賞兩岸的美景，領略江南水鄉的風情。下午，前往老門東，品嘗南京特色小吃，如鴨血冬粉湯、板鴨、炸醬麵等，感受南京的美食文化。遊覽中華門，又稱瓮城，為明朝南京城門之一，具有極高的歷史價值和建築價值。晚上，參觀瞻園，欣賞夜景，感受古典園林的優雅氛圍。
第二天。上午，前往中山陵，參觀民族英雄孫中山先生的陵墓，領略莊嚴神聖的氣氛。下午，遊覽玄武湖公園，欣賞湖光山色，感受城市綠地的寧靜與美麗。參觀南京博物院，了解南京歷史文化，觀賞各類珍貴文物。市區內閒逛，可以領略南京的現代化風貌，同時欣賞到城市的文化底蘊。
以上行程較為緊湊，可以根據個人興趣和體力適當調整。例如，可以刪去1912民國街、玄武湖、雞鳴寺、南京城牆北線景區等，或者挑重點去玩。在景區里也可以根據個人興趣選擇是否參觀，如南京博物院的民國館等。此外，南京的特色小吃和美食也是不可錯過的體驗。