南瓜子酥的做法有多種，這裡介紹一種常見的做法：
準備南瓜，去皮切半，用勺子挖出南瓜子，將南瓜切成薄片，放在盤中，蒸約15分鐘直至軟熟。
取出南瓜，稍微放涼後倒掉水分，把南瓜壓成泥，加入白糖、蜂蜜和兩個雞蛋，攪拌均勻後加入食用鹼面和麵粉，攪拌至面絮狀，再加入食用油揉成麵團，鬆弛5分鐘。
醒好的麵團揉勻後按扁，表面抹上清水，粘上白芝麻，擀成約一厘米厚的長方形面片，切成寬約3~4厘米的長條，再切成寬一厘米的小條。
鍋中倒入較多食用油，加熱至5~6成熱（放入筷子周圍冒小泡泡），放入南瓜酥生胚，先用較大火定型，再轉小火慢慢炸至金黃，期間不停翻動以保證受熱均勻。
以上方法製作出的南瓜子酥口感酥脆，味道香甜。