《原子之心》的故事發生在2023年的蘇聯，遊戲背景是蘇聯科學家在秘密的原子能實驗中發生事故，科學家們因此發現了超能力能量並控制了蘇聯政府，同時建立了一個新的國家政權。遊戲的主角是兩個不同國籍的科學家，他們被政府派去一個偏遠的科學設施中調查異常事件，從而引發了故事。
主角們需要利用自己的科學知識來解開各種謎團，並阻止政府濫用超能力能量。在這個過程中，他們需要與各種敵人進行戰鬥，探索設施內的秘密實驗室和隱藏區域，同時收集各種道具和裝備來增強自己的能力。
此外，《原子之心》還融入了科幻元素，比如一些神秘的機械裝置和外星科技物品，這些元素也為遊戲增添了一些神秘感和懸疑感。整個故事中充滿了陰謀、冒險、探索和戰鬥的元素，是一個融合了科幻和恐怖元素的第一人稱射擊遊戲。