根 據提供的信息，口袋妖怪漆黑的魅影5二周目攻略如下：
開始二周目：
在完成一周目 後，回到家中，爸爸 會 給你船票， 隨 後米可利 會打 電 話 給你，告 訴你需要去找其他冠 軍的秘密基地。
觀看 緊急新 聞 後， 選 擇 紅色或 藍色的 顏色（ 這 個 選 擇不影 響 遊戲 進程）。
下 樓 後，小田卷博士 會 帶你到研究所，你的精 靈 圖鑑 將升 級 為全 國模式。
任 務 與挑 戰：
前往冬雪 鎮，在化石迷的 家裡可以拿到第二 塊化石， 並在得文公司二 樓 復活。
在流星瀑 布附近找到小赤和小 綠的秘密基地， 與他 們 對 戰 並挑 戰。
前往茵郁市，找到希 羅娜的秘密基地 並挑 戰她。
前往天 氣研究所，了解 關於降雨和 乾燥天 氣的信息， 並根 據提示找到海皇牙和古拉 頓。
找到渡、阿戴克和艾莉 絲的秘密基地， 與他 們 對 戰 並挑 戰。
挑 戰 夢 聯盟， 擊 敗N（Lv.66雪妖女、Lv.66 鋼 鑽 鼴鼠、Lv.66噬魂吊 燈、Lv.66自爆磁怪、Lv.67索 羅 亞克、Lv.68三 頭 龍）， 勝利 後 辭去冠 軍 職位。
後 續任 務：
粉碎 銀河 團和等 離子 團的 陰 謀，再次挑 戰 夢 聯盟。
與米可利 對 話，解 決神秘 聲音的 謎 團，最 終 甦醒。
收集三日月之羽， 與小 遙和小光 對 話 獲取 線索。
最 終，你 會遇到小田卷博士， 標誌 著二周目的 結束。
以上攻略 總 結了口袋妖怪漆黑的魅影5二周目的主要任 務和挑 戰。 記得在 戰鬥前合理配置你的 隊伍，利用不同 寶可 夢的 優 勢 來克服 對手。