在《口袋妖怪黑白》二周目的攻略中，玩家 會遇到一系列新的 劇情和挑 戰。以下是相 關介 紹：
紅豆杉博士的父 親 會 來到玩家家中， 將 圖鑑升 級 為全 國 圖鑑。之 後，玩家 會出 門遇到 勁 敵和他的妹妹， 勁 敵的妹妹 會 夢到 一隻索 羅 亞克在冠 軍之路等 著玩家。
玩家 會 來到 飛 雲市，通 過天箭之 橋到 達矢 車森林。在 這裡，玩家 會遇到切林， 並 與他 組 隊 調查等 離子 團的 蹤 跡。在矢 車森林深 處，玩家 會遇到七 賢人之一的阿斯拉，他曾 與 搶走七 寶市博物 館 龍骨有 關，但已 經改 過自新。
在矢 車森林外 圍的 試 煉之岩，玩家的 格鬥系PM可以打出星之砂， 這 個 試 煉每天可以 進行一次。
穿 過矢 車森林，玩家 會 來到七 寶市。在博物 館中， 蘆 薈 會 讓玩家 從羽毛化石和 龜 殼化石中 選 擇 一個。之 後，副 館 長 會 帶玩家 參 觀博物 館。如果玩家 與黑白版 進行 過 聯 動，可以在 圖 書 館中 觸 發 與 蘆 薈、 亞堤、 亞坤三人相 關的回 憶 劇情。
在三曜市，原本的三曜道 館 變成了 一個餐 館。玩家可以 與天桐、伯特、寇恩三人 進行 對 話， 並 觸 發 與暗之三位一 體交 戰的回 憶 劇情。在 這裡，玩家 還可以 進行每天一次的 雙打 對 戰。
在 夢之 跡地，玩家 會遇到拉迪 歐斯（黑2版）或拉帝 亞斯（白2版）， 並 與之 發生 戰鬥。
此外， 當玩家通 關 後再次 開 啟存 檔 時， 會出 現 兩個 媽 媽角色。其中一位是前作白金版 國 際刑警，她 會 讚揚玩家的活 躍， 並推 薦玩家 參 與 調查。在同意 協助 調查 後，玩家 會得到超 級 釣竿。之 後，玩家 會遇到 兩位 勁 敵， 並 與他 們 討 論 圖鑑升 級的事宜。