合本子注是魏晉南北朝時期形成的一種特殊的文獻學和文本研究方法。這一概念最初用於佛經的翻譯與研究，後來也被套用於傳統史書的注釋。具體來說，「合本」指的是將不同版本的同一部經書合併編纂成一本，「子注」則是指在正文中以小字夾注的形式對不同譯本的差異進行說明和注釋。這種方法不僅涉及語言學的比較研究，還包括歷史學的考察，實現了哲學方法與思想史方法的有機結合。
陳寅恪先生對「合本子注」進行了深入的研究和強調，他認為這種方法對中古乃至宋代史學產生了重要影響，並且具有普遍的方法論意義。陳寅恪通過「合本子注」的概念，反思了清代樸學對經與史、理與事的兩分，強調了訓詁學的局限，並凸顯了「合本子注」在融合「達事」與「明理」方面的獨特價值。這種方法不僅促進了經典文本的義理闡釋，也為古典思想的現代轉化提供了指導意義，為學術範式的現代轉型提供了重要的思路。