吉林大學設有多個學院，每個學院下設有不同的系。以下是一些學院的系設定：
哲學社會學院：哲學、社會學、社會工作、套用心理學、勞動與社會保障。
文學院：漢語言文學、歷史學。
新聞與傳播學院：新聞學、廣告學、播音與主持藝術、廣播電視編導。
考古學院：考古學、文物與博物館學、古文字學。
外國語學院：英語、日語、俄語、朝鮮語、西班牙語。
藝術學院：產品設計、繪畫、環境設計、視覺傳達設計、音樂學、音樂表演、作曲與作曲技術理論。
體育學院：社會體育指導與管理、運動訓練。
經濟學院：財政學、國際經濟與貿易、金融學、經濟學。
法學院：法學、國際政治、行政管理、政治學。
商學與管理學院：信息管理與信息系統、工商管理、市場行銷、會計學。
此外，吉林大學還設有其他專業，如車輛工程、勘查技術與工程、臨床醫學、放射醫學、電子信息科學與技術、計算機科學與技術、動物醫學等。