吉祥航空的上海基地主要位於上海虹橋國際機場和浦東國際機場，這兩個機場都是吉祥航空的飛行基地。此外，吉祥航空的辦公地址位於上海市浦東新區肇嘉浜路789號的均瑤國際廣場。同時，公司在上海市閔行區虹翔三路80號也有一個單位地址。