吖啶橙（Acridine Orange, AO）是一種細胞滲透性螢光染料，其染色原理涉及與細胞核心酸（DNA和RNA）的選擇性結合，以及在特定條件下的螢光特性。以下是吖啶橙染色的具體原理：
與核酸的結合。吖啶橙能透過細胞膜，嵌入DNA的鹼基對之間，形成發綠色螢光的複合物；與RNA結合時，則形成發紅色螢光的複合物。這種結合方式使得吖啶橙在螢光顯微鏡下能夠區分細胞中的DNA和RNA。
與溶酶體的相互作用。在溶酶體的酸性環境中，吖啶橙會發生螢光猝滅現象，即在某些條件下吖啶橙無法發出螢光。當溶酶體受損或細胞內酸鹼平衡失調時，螢光猝滅現象減弱，吖啶橙開始發出螢光，通過觀察螢光信號的變化，可以分析溶酶體的功能狀態。
觀察細胞形態。在正常細胞中，吖啶橙使細胞核呈現綠色或黃綠色均勻螢光；在凋亡細胞中，由於染色質固縮或斷裂，形成凋亡小體，吖啶橙使其染上緻密濃染的黃綠色螢光或黃綠色碎片顆粒；壞死細胞的黃色螢光減弱甚至消失。此外，吖啶橙常與溴化乙啶（EB）合用雙染，EB只染死細胞產生桔黃色螢光，從而可以區分正常細胞、凋亡細胞及壞死細胞。