咖啡豆熟豆的瑕疵主要包括以下幾種：
奎克豆（Quaker）。未成熟的豆子，烘焙後顏色比正常豆子淺，可能帶有青草味和麥稈味。
蟲蛀豆。咖啡果實受咖啡甲蟲（coffee berry borer）入侵，豆體上有蟲蛀空洞，可能產生髒味、霉味、腐味。
貝殼豆。由基因決定的自然性狀，烘焙過程中容易受熱過度，導致焦苦味。
破損豆。豆體破裂或機械損傷，可能產生黴菌感染和氧化，表現為霉味、髒味、酸味以及發酵味。
帶殼豆。又稱羊皮紙豆，外殼呈白色或黃褐色，可能表現為木質味。
碳化豆。因生豆過度烘焙形成，外觀焦黑，與正常熟豆顏色差異明顯，可能產生焦苦味。
以上瑕疵豆都會影響咖啡的風味和口感，因此在烘焙和品鑑時應予以注意。