嘧菌酯的使用方法主要分為農業用途和醫學用途，具體如下：
農業用途。嘧菌酯主要用於病害防治，如黃瓜霜霉病、疫病、炭疽病、黑星病等。使用嘧菌酯時，應在發病初期或病害高發期開始使用，一般每畝每次使用25%嘧菌酯懸浮劑60~90毫升，兌水30~50公斤均勻噴霧，控制病害的擴展，對於水稻稻瘟病、紋枯病等，每畝每次用25%懸浮劑20~40毫升，每隔10天噴一次，連噴2次可控制病害蔓延。另外，對於西瓜枯萎病、炭疽病、蔓枯病等，每畝每次用50%水分散粒劑30~50克，每隔10天噴一次，連噴2~3次可有效防治病害。在使用嘧菌酯時，需要注意藥品量的控制和藥液的均勻噴灑，避免藥液流入水體，對水體和魚類造成危害，同時不宜與鹼性物質混用，以免降低藥效並破壞藥物結構。
醫學用途。在醫學上，嘧菌酯的常規劑量為600mg每天，分為兩次口服服用，或者每隔12小時靜脈注射1~2g的藥物。使用時需要根據患者的體重、病情嚴重程度、療程等因素來確定劑量，並在醫生的指導下進行。
在使用嘧菌酯時，還應注意個人防護和安全操作，切勿直接接觸藥液，應穿著防護服和手套。同時，應避免過早採摘或食用污染的水果或蔬菜。