器械清洗的方法主要包括以下幾個步驟：
沖洗。使用流動的水去除器械上的污染物，以達到能進一步處理的程度。對於有鏽的器械進行除鏽，無鏽的則用流動水沖洗。需要拆卸的部件和螺絲應分開清洗，帶腔隙的鉗類器械在沖洗時應加閉與鬆開交替動作。
洗滌。使用含有化學清洗劑的水，通過水的溶解清洗能力、清潔劑的乳化和皂化等作用，去除器械上的有機類污染物。可以將器械放在超聲清洗機內，加入多酶清潔劑進行清洗。
漂洗。用流動水沖洗或在水面下浸泡，以去除器械上的污染物和化學殘留物，達到清洗質量要求。漂洗後的器械如有明顯的鏽跡，則套用除鏽液浸泡除鏽後再次漂洗。
終末漂洗。使用純淨水或蒸餾水進行沖洗，以避免自來水中含有的金屬離子等化學物質對器械表面造成腐蝕、變色等問題。
消毒。使用消毒劑沖洗或浸泡。
潤滑。將器械浸泡於潤滑防鏽劑溶液中，以防止器械再次污染。
乾燥。使用乾燥箱在70~90℃下乾燥20min，以達到器械無水垢、無污物、無鏽跡、關節靈活。
此外，器械清洗通常遵循先清洗後消毒的處理程式，但在特殊情況下，應按先消毒後清洗再滅菌的處理程式進行。需要注意的是，禁止使用工業除鏽劑進行器械除鏽。