土壤中的微生物主要包括細菌、真菌、放線菌、古菌、病毒、原生動物、藻類和線蟲等。以下是詳細介紹：
細菌。在土壤中數量最多，種類豐富，對植物生長和土壤肥力有重要影響，能分解有機殘渣、轉化無機元素，參與土壤元素循環。
真菌。分爲腐生真菌和共生真菌，腐生真菌通過分解動植物殘體釋放養分，共生真菌則與植物根系形成菌根共生體，提高植物的養分吸收能力。
放線菌。能分解土壤中的有機物質，產生生物活性物質如抗生素和酶類，對控制病原微生物的生長有效。
古菌。一類極端嗜熱菌，生活在土壤深層，對土壤環境穩定性有重要作用。
病毒、原生動物、藻類和線蟲。這些微生物在土壤中也有重要作用，如病毒可影響微生物的生態平衡，原生動物和線蟲參與有機物的分解過程，藻類則進行光合作用，增加土壤氧氣含量。